Профессорско-преподавательский состав Военно-инженерного института проводят фундаментальные и прикладные научные исследования по различным техническим и гуманитарным направлениям, в том числе и по приоритетным.
Ученые участвуют в ряде федеральных научных программ, в исполнении грантов «Российского научного фонда», «Российского фонда фундаментальный исследований», издают монографии, публикуют научные статьи в зарубежных, российских и университетских изданиях, а также учебники и учебные пособия.
Военно-инженерный институт – лидер среди институтов СФУ по количеству проектов, выполняемых в рамках Федеральных целевых программ, а также комплексных проектов, выполненных в рамках постановления правительства РФ № 218 «О мерах государственной поддержки развития кооперации российских образовательных организаций высшего образования, государственных научных учреждений и организаций, реализующих комплексные проекты по созданию высокотехнологичного производства».
Научно-исследовательские работы и разработки научных коллективов ВИИ представляют практический интерес для предприятий и организаций различных сфер деятельности.
В институте развита мощная научная инфраструктура, функционируют 3 научные лаборатории:
