Военная кафедра была образована в соответствии с приказом Министра высшего образования СССР № 795 от 31 июля 1957 г. при Красноярском государственном политехническом институте. После преобразования учреждения в Красноярский государственный технический университет кафедра продолжила свою деятельность на его базе.
Создание Сибирского федерального университета определило инновационный путь развития военного обучения, на основании Распоряжения Правительства Российской Федерации от 6 марта 2008 г. № 275-р при СФУ был создан Учебный военный центр, а Военная кафедра продолжила подготовку офицеров запаса.
С выходом Распоряжения Правительства Российской Федерации от 9 июня 2016 года № 1157-р о создании при Сибирском федеральном университете Факультета военного обучения (Штатное расписание введено в действие с 01.03.2017 г.) военная кафедра вошла в его состав первым основным структурным подразделением.
За время своего существования кафедрой было подготовлено свыше 45 тысяч офицеров запаса. Преподавательский состав по праву гордится своими выпускниками, многие из которых прошли службу в Вооруженных Силах и ныне продолжают трудиться на благо России. Среди них Министр Обороны Российской Федерации, Герой Российской Федерации генерал армии, С.К. Шойгу, специальный представитель Президента Российской Федерации по вопросам международного сотрудничества в борьбе с терроризмом и транснациональной преступностью генерал-полковник А.Е. Сафонов, первый заместитель Министра внутренних дел Российской Федерации генерал-полковник полиции А.В. Горовой и многие другие.
В настоящее время Военная кафедра № 1 реализует программы военной подготовки офицеров запаса, программы военной подготовки сержантов запаса и программы военной подготовки солдат запаса для граждан, обучающихся в СФУ. Изучение гражданами военно-профессиональных дисциплин проводится на базе знаний, получаемых ими в ходе освоения специальных дисциплин по основной образовательной программе высшего образования.